石墨坩堝的結構設計存在一定的不足，例如石墨坩堝壁薄并且易于變形，長期的運用簡單導致坩堝變形甚至決裂。此外，石墨坩堝壁比較潤滑，難以涂附腫瘤或墊料，導致在分量不穩定材料的加熱過程中，簡單出現材料附著和黏結的狀況，影響反響的進行。

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